Curriculum vitae

Forschungsschwerpunkte
  • Wirt-Pathogen Interaktion bei humanpathogenen Pilzen
  • Automatisierte Verarbeitung mikroskopischer Bild- und Spektroskopiedaten
  • Raumzeitliche Computersimulationen agentenbasierter Infektionsmodelle
Wissenschaftlicher Werdegang
seit 2021 Professor (W3) für Angewandte Systembiologie, Friedrich-Schiller-Universität Jena
seit 2011 Leiter der Forschungsruppe Angewandte Systembiologie am Leibniz-HKI
2011-2021 Professor (W2) für Angewandte Systembiologie, Friedrich-Schilller-Universität Jena
2005-2010 Junior Fellow in Theoretische Immunologie am Frankfurt Institute for Advanced Studies (FIAS) der Goethe Universität Frankfurt
2001-2005 Wissenschaftlicher Mitarbeiter in Computerphysik an der Universität Groningen (NL)
2000 Dr. rer. nat. in Physik an der Universität Groningen (NL)
1995 Diplom in Physik an der Universität Dortmund
Auszeichnungen · Ämter · wissenschaftliche Aktivitäten

Auszeichnungen

2011 - 2017 Adjunct Fellow am Frankfurt Institute for Advanced Studies (FIAS)

Ämter und wissenschaftliche Aktivitäten

seit 2023 Vorstandsmitglied und Koordinator des Aufgabenbereichs “Bioimage Informatics” in der von der DFG geförderten nationalen Initiative zur Verwaltung von Forschungsdaten “NFDI4Bioimage”
seit 2023 Vorstandsmitglied und PI in der DFG-Research Training School RTG 2723 – “Materials-Microbes-Microenvironments”
seit 2023 Vorstandsmitglied des Beutenberg Campus e.V. “Life Science meets Physics”
seit 2023 Herausgeber: PLOS Complex Systems
seit 2023 Herausgeber: Biological Imaging
seit 2022 Koordinator von Basic Technology 3 in dem vom BMBF geförderten “Leibniz Center for Photonics in Infection Research”
seit 2022 Koordinator des vom BMBF geförderten "Multi-Model-Simulator Project” in der Förderlinie “Computational Life Sciences”
seit 2021 Stellvertretender Koordinator der "Jena School for Microbial Communication"
seit 2019 Koordinator der Research Area C - Data Synopsis im Exzellenzcluster "Balance of the Microverse"
seit 2019 Mitglied des Management Boards des Microverse Imaging Center im Exzellenzcluster "Balance of the Microverse"
seit 2019 Sprecher und PI des Leibniz-WissenschaftsCampus "InfectoOptics"
seit 2019 Herausgeber: Scientific Reports
seit 2017 Ombudsperson am Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie
seit 2017 PI und Mitglied des DFG-Collaborative Research Center 1278 PolyTarget
seit 2017 Herausgeber: Cytometry A
seit 2015 Mitglied: Jena Center for Soft Matter
seit 2015 Mitglied: Michael Stifel Center for Data-Driven and Simulation Science
seit 2014 PI und Mitglied im DFG-Collaborative Research Center 124 FungiNet
seit 2012 Organisator: Zweijährliches internationales Symposium "Image-based Systems Biology" (IbSB)
seit 2011 Organisator: Zweijährliches internationales Symposium über "Systems Biology of Microbial Infection" (SBMI)
seit 2011 Fakultätsmitglied und PI in der "International Leibniz Research School for Microbial and Biomolecular Interactions"
seit 2011 Fakultätsmitglied und PI in der "Jena School for Microbial Communication"

Publikationen

Mattern DJ, Schoeler H, Weber J, Novohradská S, Kraibooj K, Dahse HM, Hillmann F, Valiante V, Figge MT, Brakhage AA (2015) Identification of the antiphagocytic trypacidin gene cluster in the human-pathogenic fungus Aspergillus fumigatus. Applied Microbiology and Biotechnology 99(23), 10151-10161.
Medyukhina A, Timme S, Mokhtari Z, Figge MT (2015) Image-based Systems Biology of Infection. Cytometry A 87(6), 462-470.
Mokhtari Z*, Mech F*, Zehentmeier S, Hauser AE, Figge MT (2015) Quantitative image analysis of cell colocalization in murine bone marrow. Cytometry A 87(6), 503-512, *authors contributed equally.
Pollmächer J, Figge MT (2015) Deciphering chemokine properties by a hybrid agent-based model of Aspergillus fumigatus infection in human alveoli. Frontiers in Microbiology 6(503),
Svensson C-M, Hübler R, Figge MT (2015) Automated classification of circulating tumor cells and the impact of inter-observer variability on classifier training and performance. Journal of Immunology Research 2015(Article ID 573165), 9.
Hünniger K*, Lehnert T*, Bieber K, Martin R, Figge MT⁺, Kurzai O⁺ (2014) A virtual infection model quantifies innate effector mechanisms and Candida albicans immune escape in human blood. PLOS Comput Biol 10(2), e1003479, */⁺authors contributed equally.
Irmler IM, Gebhardt P, Hoffmann B, Opfermann T, Figge MT, Saluz HP, Kamradt T (2014) 18 F-Fluoride positron emission tomography/computed tomography for noninvasive in vivo quantification of pathophysiological bone metabolism in experimental murine arthritis. Arthritis Res Ther 16(4), R155.
Kraibooj K*, Park HR*, Dahse HM, Skerka C, Voigt K⁺, Figge MT⁺ (2014) Virulent strain of Lichtheimia corymbifera shows increased phagocytosis by macrophages as revealed by automated microscopy image analysis. Mycoses 57(Suppl. 3), 56-66, */⁺authors contributed equally.
Mech F, Wilson D, Lehnert T, Hube B, Figge MT (2014) Epithelial invasion outcompetes hypha development during Candida albicans infection as revealed by an image-based systems biology approach. Cytometry A 85(2), 126-139.
Pollmächer J, Figge MT (2014) Agent-based model of human alveoli predicts chemotactic signaling by epithelial cells during early Aspergillus fumigatus infection. PLOS ONE 9(10), e111630.

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