(2025)
Intuitive Abläufe für die automatisierte Bildanalyse. JIPipe als quelloffene Softwarelösung für FAIRe Bildanalyse.
Online-Publikation bei Wiley Analytical Science
Prof. Dr. Marc Thilo Figge
Angewandte Systembiologie · Abteilungsleiter +49 3641 532-1416 thilo.figge@leibniz-hki.deCurriculum vitae
Forschungsschwerpunkte
- Wirt-Pathogen Interaktion bei humanpathogenen Pilzen
- Automatisierte Verarbeitung mikroskopischer Bild- und Spektroskopiedaten
- Raumzeitliche Computersimulationen agentenbasierter Infektionsmodelle
Wissenschaftlicher Werdegang
| seit 2021 | Professor (W3) für Angewandte Systembiologie, Friedrich-Schiller-Universität Jena |
| seit 2011 | Leiter der Forschungsgruppe Angewandte Systembiologie am Leibniz-HKI |
| 2011-2021 | Professor (W2) für Angewandte Systembiologie, Friedrich-Schilller-Universität Jena |
| 2005-2010 | Junior Fellow in Theoretische Immunologie am Frankfurt Institute for Advanced Studies (FIAS) der Goethe Universität Frankfurt |
| 2001-2005 | Wissenschaftlicher Mitarbeiter in Computerphysik an der Universität Groningen (NL) |
| 2000 | Dr. rer. nat. in Physik an der Universität Groningen (NL) |
| 1995 | Diplom in Physik an der Universität Dortmund |
Auszeichnungen · Ämter · wissenschaftliche Aktivitäten
Auszeichnungen
| 2011 - 2017 | Adjunct Fellow am Frankfurt Institute for Advanced Studies (FIAS) |
Ämter und wissenschaftliche Aktivitäten
| seit 2023 | Vorstandsmitglied und Koordinator des Aufgabenbereichs “Bioimage Informatics” in der von der DFG geförderten nationalen Initiative zur Verwaltung von Forschungsdaten “NFDI4Bioimage” |
| seit 2023 | Vorstandsmitglied und PI in der DFG-Research Training School RTG 2723 – “Materials-Microbes-Microenvironments” |
| seit 2023 | Vorstandsmitglied des Beutenberg Campus e.V. “Life Science meets Physics” |
| seit 2023 | Herausgeber: PLOS Complex Systems |
| seit 2023 | Herausgeber: Biological Imaging |
| seit 2022 | Koordinator von Basic Technology 3 in dem vom BMBF geförderten “Leibniz Center for Photonics in Infection Research” |
| seit 2022 | Koordinator des vom BMBF geförderten "Multi-Model-Simulator Project” in der Förderlinie “Computational Life Sciences” |
| seit 2021 | Stellvertretender Koordinator der "Jena School for Microbial Communication" |
| seit 2019 | Koordinator der Research Area C - Data Synopsis im Exzellenzcluster "Balance of the Microverse" |
| seit 2019 | Mitglied des Management Boards des Microverse Imaging Center im Exzellenzcluster "Balance of the Microverse" |
| seit 2019 | Sprecher und PI des Leibniz-WissenschaftsCampus "InfectoOptics" |
| seit 2019 | Herausgeber: Scientific Reports |
| seit 2017 | Ombudsperson am Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie |
| seit 2017 | PI und Mitglied des DFG-Collaborative Research Center 1278 PolyTarget |
| seit 2017 | Herausgeber: Cytometry A |
| seit 2015 | Mitglied: Jena Center for Soft Matter |
| seit 2015 | Mitglied: Michael Stifel Center for Data-Driven and Simulation Science |
| seit 2014 | PI und Mitglied im DFG-Collaborative Research Center 124 FungiNet |
| seit 2012 | Organisator: Zweijährliches internationales Symposium "Image-based Systems Biology" (IbSB) |
| seit 2011 | Organisator: Zweijährliches internationales Symposium über "Systems Biology of Microbial Infection" (SBMI) |
| seit 2011 | Fakultätsmitglied und PI in der "International Leibniz Research School for Microbial and Biomolecular Interactions" |
| seit 2011 | Fakultätsmitglied und PI in der "Jena School for Microbial Communication" |
Publikationen
(2025)
Intuitive workflows for automated image analysis - JIPipe as an open-source tool for FAIR image analysis.
Microsc Anal 39(1),
45-47.
(2025)
Rapid detection of microbial antibiotic susceptibility via deep learning supported analysis of angle-resolved scattered-light images of picoliter droplet cultivations.
Sens Actuators B Chem 424,
136866.
(2025)
Convergent evolution of a fungal effector enabling phagosome membrane penetration.
bioRxiv
[Preprint]
(2025)
Deciphering respiratory viral infections by harnessing organ-on-chip technology to explore the gut–lung axis.
Open Biol 15(3),
240231.
(2025)
Oncogenic FLT3 internal tandem duplications (ITD) and CD45/PTPRC control osteoclast functions and bone microarchitecture.
JBMR Plus 9(3),
ziae173.
(2025)
Image-based quantification of Candida albicans filamentation and hyphal length using the open-source visual programming language JIPipe.
FEMS Yeast Res 25,
foaf011.
(2025)
Targeting protein kinase C-α prolongs survival and restores liver function in sepsis: Evidence from preclinical models.
Pharmacol Res 212,
107581.
(2024)
The proteomic response of Aspergillus fumigatus to Amphotericin B (AmB) reveals the involvement of the RTA-like protein RtaA in AmB resistance.
microLife 6,
uqae024.
(2024)
Organ-on-chip models for infectious disease research.
Nat Microbiol 9(4),
891-904.
(Review)
