Prof. Dr. Marc Thilo Figge

Angewandte Systembiologie · Abteilungsleiter +49 3641 532-1416 thilo.figge@leibniz-hki.de

Curriculum vitae

Forschungsschwerpunkte

Wirt-Pathogen Interaktion bei humanpathogenen Pilzen
Automatisierte Verarbeitung mikroskopischer Bild- und Spektroskopiedaten
Raumzeitliche Computersimulationen agentenbasierter Infektionsmodelle

Wissenschaftlicher Werdegang

seit 2021	Professor (W3) für Angewandte Systembiologie, Friedrich-Schiller-Universität Jena
seit 2011	Leiter der Forschungsruppe Angewandte Systembiologie am Leibniz-HKI
2011-2021	Professor (W2) für Angewandte Systembiologie, Friedrich-Schilller-Universität Jena
2005-2010	Junior Fellow in Theoretische Immunologie am Frankfurt Institute for Advanced Studies (FIAS) der Goethe Universität Frankfurt
2001-2005	Wissenschaftlicher Mitarbeiter in Computerphysik an der Universität Groningen (NL)
2000	Dr. rer. nat. in Physik an der Universität Groningen (NL)
1995	Diplom in Physik an der Universität Dortmund

Auszeichnungen · Ämter · wissenschaftliche Aktivitäten

Auszeichnungen

2011 - 2017

Adjunct Fellow am Frankfurt Institute for Advanced Studies (FIAS)

Ämter und wissenschaftliche Aktivitäten

seit 2023	Vorstandsmitglied und Koordinator des Aufgabenbereichs “Bioimage Informatics” in der von der DFG geförderten nationalen Initiative zur Verwaltung von Forschungsdaten “NFDI4Bioimage”
seit 2023	Vorstandsmitglied und PI in der DFG-Research Training School RTG 2723 – “Materials-Microbes-Microenvironments”
seit 2023	Vorstandsmitglied des Beutenberg Campus e.V. “Life Science meets Physics”
seit 2023	Herausgeber: PLOS Complex Systems
seit 2023	Herausgeber: Biological Imaging
seit 2022	Koordinator von Basic Technology 3 in dem vom BMBF geförderten “Leibniz Center for Photonics in Infection Research”
seit 2022	Koordinator des vom BMBF geförderten "Multi-Model-Simulator Project” in der Förderlinie “Computational Life Sciences”
seit 2021	Stellvertretender Koordinator der "Jena School for Microbial Communication"
seit 2019	Koordinator der Research Area C - Data Synopsis im Exzellenzcluster "Balance of the Microverse"
seit 2019	Mitglied des Management Boards des Microverse Imaging Center im Exzellenzcluster "Balance of the Microverse"
seit 2019	Sprecher und PI des Leibniz-WissenschaftsCampus "InfectoOptics"
seit 2019	Herausgeber: Scientific Reports
seit 2017	Ombudsperson am Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie
seit 2017	PI und Mitglied des DFG-Collaborative Research Center 1278 PolyTarget
seit 2017	Herausgeber: Cytometry A
seit 2015	Mitglied: Jena Center for Soft Matter
seit 2015	Mitglied: Michael Stifel Center for Data-Driven and Simulation Science
seit 2014	PI und Mitglied im DFG-Collaborative Research Center 124 FungiNet
seit 2012	Organisator: Zweijährliches internationales Symposium "Image-based Systems Biology" (IbSB)
seit 2011	Organisator: Zweijährliches internationales Symposium über "Systems Biology of Microbial Infection" (SBMI)
seit 2011	Fakultätsmitglied und PI in der "International Leibniz Research School for Microbial and Biomolecular Interactions"
seit 2011	Fakultätsmitglied und PI in der "Jena School for Microbial Communication"

Publikationen

Moore J^#, Kunis S, Grüning B, Blank-Burian M, Mallm JP, Stöter T, Zuschratter W, Figge MT, Kreshuk A, Tischer C, Haase R, Zobel T, Bauer P, Svensson CM, Gerst R, Hanne J, Schmidt C, Becker MM, Bocklitz T, Bumberger J, Chalopin C, Chen J, Czodrowski P, Dickscheid T, Fortmann-Grote C, Huisken J, Lohmann J, Schauss A, Baumann M, Beretta C, Burel JM, Heuveline C, Kuner R, Kuner T, Landwehr M, Leibfried A, Nitschke R, Mittal D, von Suchodoletz D, Valencia-Schneider M, Zentis P, Brilhaus D, Hartley M, Hülsmann B, Dunker S, Keppler A, Mathur A, Meesters C, Möbius W, Nahnsen S, Pfander C, Rehwald S, Serrano-Solano B, Vilardell Scholten L, Vogl R, Becks L, Ferrando-May E^*^#, Weidtkamp-Peters S^*^# (2024) NFDI4BIOIMAGE - National research data infrastructure for microscopy and bioimage analysis. Zenodo , 10.3389/fimmu.2024.1432307. (Review)

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Perie L^*, Stippa S^*, Saffer C^*, Hartmann A, Mörglin M, Zipfel SLH, Figge MT, Wiech T, Skerka C, Zipfel PF^# (2024) Unique target binding by the C-terminal Region of FHR1 provides a new perception of aHUS Pathology. Front Hematol 3, 10.3389/frhem.2024.1469176.

Details

Ruhland E, Siemers M^*, Gerst R^*, Späth F, Vogt LN, Figge MT, Papenfort K, Fröhlich KS^# (2024) The global RNA–RNA interactome of Klebsiella pneumoniae unveils a small RNA regulator of cell division. Proc Natl Acad Sci U S A 121(9), e2317322121.

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Saffer C, Timme S, Ortiz SC, Bertuzzi M, Figge MT^# (2024) Spatiotemporal modeling quantifies cellular contributions to uptake of Aspergillus fumigatus in the human lung. Commun Biol 7(1), 1615.

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Sarkar A, Praetorius JP, Figge MT^# (2024) Deep learning-based characterization of neutrophil activation phenotypes in ex vivo human Candida blood infections. Comput Struct Biotechnol J 23, 1260-1273.

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Timme S^*, Wendler S^*, Klassert TE, Saraiva JP, Nunes da Rocha U, Wittchen M, Schramm S, Ehricht R, Monecke S, Edel B, Rödel J, Löffler B, Soledad Ramirez M, Slevogt H, Figge MT^*^#, Tuchscherr L^*^# (2024) Competitive inhibition and mutualistic growth in co-infections: Deciphering Staphylococcus aureus – Acinetobacter baumannii interaction dynamics. ISME Commun 4(1), ycae077.

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Valentine M^*, Rudolph P^*, Dietschmann A, Tsavou A, Mogavero S, Lee S, Priest EL, Zhurgenbayeva G, Jablonowski N, Timme S, Eggeling C, Allert S, Dolk E, Naglik JR, Figge MT, Gresnigt MS^*^#, Hube B^*^# (2024) Nanobody-mediated neutralization of candidalysin prevents epithelial damage and inflammatory responses that drive vulvovaginal candidiasis pathogenesis. mBio 15(3), e0340923.

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Visser C, Rivieccio F, Krüger T, Schmidt F, Cseresnyés Z, Rohde M, Figge MT, Kniemeyer O, Blango MG^*, Brakhage AA^* (2024) Tracking the uptake of labelled host-derived extracellular vesicles by the human fungal pathogen Aspergillus fumigatus. microLife 5, uqae022.

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Walluks K^*, Hoffmann B^*, Svensson CM, Förster G, Müller AH, Jarvis J, Perkins J, Figge MTF^#, Arnold D^# (2024) Long‑term stimulation by implanted pacemaker enables non‑atrophic treatment of bilateral vocal fold paresis in a human‑like animal model. Sci Rep 14(1), 10440.

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Walluks K^*, Praetorius JP^*, Arnold D^#, Figge MT^# (2024) Impact of functional electrical stimulation on nerve-damaged muscles by quantifying fat infiltration using deep learning. Sci Rep 14(1), 12158.

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