MIRNA-RIP: Das miRNA Regulatorische Interaktions-Vorhersage-Tool

Über MIRNA-RIP

MIRNA-RIP ist ein Softwarepaket für R (www.r-project.org) zur Vorhersage von miRNAs als Regulatoren potenzieller Zielgene unter Verwendung abgestimmter Gen- und miRNA-Expressionsprofile. MIRNA-RIP implementiert zwei Modelltypen mit Mixed Integer Linear Programming: einfache lineare Regression und stückweise lineare Regression. In beiden Modelltypen werden spezifische Parameter optimiert, um die Ziel-Genexpression unter Verwendung der Expression der entsprechenden miRNA zu schätzen. Zielgenaue Vorhersagen aus beiden Modellen werden in einem kombinierten Modell zusammengefasst. Weitere Informationen zur Installation und Nutzung sowie einen Beispieldatensatz finden Sie im Handbuch.

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MIRNA-RIP 1.0

Example data

Zitat: Ast et al. MiR-192, miR-200c and miR-17 are fibroblast-mediated inhibitors of colorectal cancer invasion. Oncotarget (2018).

Referenzen

[1] The Cancer Genome Atlas Network. Comprehensive Molecular Characterization of Human Colon and Rectal Cancer. Nature. 2012; 487(7407): 330-337.
[2] Karagkouni et al. DIANA-TarBase v8: a decade-long collection of experimentally supported miRNA–gene interactions. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4; 46 (Database issue): D239–D245.
[3] Kozomara and Griffiths-Jones, miRBase: annotating high confidence microRNAs using deep sequencing data. Nucleic Acids Research, Volume 42, Issue D1, 1 January 2014, Pages D68–D73.