Prof. Dr. Marc Thilo Figge

Angewandte Systembiologie · Abteilungsleiter +49 3641 532-1416 thilo.figge@leibniz-hki.de

Curriculum vitae

Forschungsschwerpunkte

Wirt-Pathogen Interaktion bei humanpathogenen Pilzen
Automatisierte Verarbeitung mikroskopischer Bild- und Spektroskopiedaten
Raumzeitliche Computersimulationen agentenbasierter Infektionsmodelle

Wissenschaftlicher Werdegang

seit 2021	Professor (W3) für Angewandte Systembiologie, Friedrich-Schiller-Universität Jena
seit 2011	Leiter der Forschungsgruppe Angewandte Systembiologie am Leibniz-HKI
2011-2021	Professor (W2) für Angewandte Systembiologie, Friedrich-Schilller-Universität Jena
2005-2010	Junior Fellow in Theoretische Immunologie am Frankfurt Institute for Advanced Studies (FIAS) der Goethe Universität Frankfurt
2001-2005	Wissenschaftlicher Mitarbeiter in Computerphysik an der Universität Groningen (NL)
2000	Dr. rer. nat. in Physik an der Universität Groningen (NL)
1995	Diplom in Physik an der Universität Dortmund

Auszeichnungen · Ämter · wissenschaftliche Aktivitäten

Auszeichnungen

2011 - 2017

Adjunct Fellow am Frankfurt Institute for Advanced Studies (FIAS)

Ämter und wissenschaftliche Aktivitäten

seit 2023	Vorstandsmitglied und Koordinator des Aufgabenbereichs “Bioimage Informatics” in der von der DFG geförderten nationalen Initiative zur Verwaltung von Forschungsdaten “NFDI4Bioimage”
seit 2023	Vorstandsmitglied und PI in der DFG-Research Training School RTG 2723 – “Materials-Microbes-Microenvironments”
seit 2023	Vorstandsmitglied des Beutenberg Campus e.V. “Life Science meets Physics”
seit 2023	Herausgeber: PLOS Complex Systems
seit 2023	Herausgeber: Biological Imaging
seit 2022	Koordinator von Basic Technology 3 in dem vom BMBF geförderten “Leibniz Center for Photonics in Infection Research”
seit 2022	Koordinator des vom BMBF geförderten "Multi-Model-Simulator Project” in der Förderlinie “Computational Life Sciences”
seit 2021	Stellvertretender Koordinator der "Jena School for Microbial Communication"
seit 2019	Koordinator der Research Area C - Data Synopsis im Exzellenzcluster "Balance of the Microverse"
seit 2019	Mitglied des Management Boards des Microverse Imaging Center im Exzellenzcluster "Balance of the Microverse"
seit 2019	Sprecher und PI des Leibniz-WissenschaftsCampus "InfectoOptics"
seit 2019	Herausgeber: Scientific Reports
seit 2017	Ombudsperson am Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie
seit 2017	PI und Mitglied des DFG-Collaborative Research Center 1278 PolyTarget
seit 2017	Herausgeber: Cytometry A
seit 2015	Mitglied: Jena Center for Soft Matter
seit 2015	Mitglied: Michael Stifel Center for Data-Driven and Simulation Science
seit 2014	PI und Mitglied im DFG-Collaborative Research Center 124 FungiNet
seit 2012	Organisator: Zweijährliches internationales Symposium "Image-based Systems Biology" (IbSB)
seit 2011	Organisator: Zweijährliches internationales Symposium über "Systems Biology of Microbial Infection" (SBMI)
seit 2011	Fakultätsmitglied und PI in der "International Leibniz Research School for Microbial and Biomolecular Interactions"
seit 2011	Fakultätsmitglied und PI in der "Jena School for Microbial Communication"

Publikationen

Gerst R^*, Cseresnyés Z^*, Figge MT^# (2023) JIPipe: Visual batch processing for ImageJ. Nat Methods 20(2), 168-169.

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Goldmann M^*, Schmidt F^*, Cseresnyés Z, Orasch T, Jahreis S, Hartung S, Figge MT, von Lilienfeld-Toal M, Heinekamp T, Brakhage AA^# (2023) The lipid raft-associated protein stomatin is required for accumulation of dectin-1 in the phagosomal membrane and for full activity of macrophages against Aspergillus fumigatus. mSphere 8(1), e00523-22.

Details

González K^*, Gangapurwala G^*, Alex J^*, Vollrath A, Cseresnyés Z, Weber C, Czaplewska JA, Hoeppener S, Svensson CM, Orasch T, Heinekamp T, Guerrero-Sánchez C, Figge MT, Schubert US, Brakhage AA (2023) Targeting of phagolysosomes containing conidia of the human pathogenic fungus Aspergillus fumigatus with polymeric particles. Appl Microbiol Biotechnol 107(2-3), 819-834.

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Jia LJ, Rafiq M, Radosa L, Hortschansky P, Cunha C, Cseresnyés Z, Krüger T, Schmidt F, Heinekamp T, Straßburger M, Loeffler B, Doenst T, Lacerda JF, Campos A, Figge MT, Carvalho A, Kniemeyer O, Brakhage AA^# (2023) Aspergillus fumigatus hijacks human p11 to redirect fungal-containing phagosomes to non-degradative pathway. Cell Host Microbe 31(3), 373-388.e10.

Details

Kühne M^*, Hofmann S^*, Lindemann H, Cseresnyés Z, Dzierza A, Schröder D, Godmann M, Koschella A, Eggeling C, Fischer D, Figge MT, Heinze T, Heinzel T^# (2023) Analysis of HDACi-coupled Nanoparticles: Opportunities and challenges. In: Humana, New York, NY (eds.) HDAC/HAT Function Assessment and Inhibitor Development. Methods in Molecular Biology 2589, pp. 129-144. Springer Protocols. ISBN: 978-1-0716-2787.

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Ma F, Kaufmann R, Sedzicki J, Cseresnyés Z, Dehio C, Hoeppener S, Figge MT, Heintzmann R^# (2023) Guided-deconvolution for correlative light and electron microscopy. PLOS One 18(3), e0282803.

Details

Orasch T^*, Gangapurwala G^*, Vollrath A, González K, Alex J, De San Luis A, Weber C, Hoeppener S, Cseresnyés Z, Figge MT, Guerrero-Sanchez C, Schubert US^#, Brakhage AA^# (2023) Polymer-based particles against pathogenic fungi: A non-uptake delivery of compounds. Biomater Adv 146, 213300.

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Praetorius JP, Walluks K, Svensson CM, Arnold D, Figge MT^# (2023) IMFSegNet: Cost-effective and objective quantification of intramuscular fat in histological sections by deep learning. Comput Struct Biotechnol J 21, 3696-3704.

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Press AT^#^*, Ungelenk L^*, Medyukhina A, Pennington SA, Nietzsche S, Kan C, Lupp A, Dahmen U, Wang R, Settmacher U, Wetzker R, Figge MT, Clemens MG, Bauer M (2023) Sodium thiosulfate refuels the hepatic antioxidant pool reducing ischemia-reperfusion-induced liver injury. Free Radic Biol Med 204, 151-160.

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Saffer C, Timme S, Rudolph P, Figge MT^# (2023) Surrogate infection model predicts optimal alveolar macrophage number for clearance of Aspergillus fumigatus infections. NPJ Syst Biol Appl 9, 12.

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