Bioinformatik-Pipeline veröffentlicht
| von Jasmin Frangenberg
Großer Tag für das Entwicklungsteam der Bioinformatik-Pipeline in der Stallforth-Gruppe: Das Team um die nextflow-Pipeline nf-core/funcscan – mit Projektstart im Herbst 2021 – hat die erste Version fertiggestellt und veröffentlicht!
Die Bioinformatik-Pipeline nf-core/funcscan wird es allen Anwenderinnen und Anwendern zukünftig ermöglichen, effizient und reproduzierbar verschiedene Genfunktionen in bakteriellen Metagenomen zu identifizieren: Antimikrobielle Peptide (AMP), Antibiotika-Resistenzgene (ARG) und Biosynthesegencluster (BGC). Die Projektverantwortlichen haben eine Video-Einführung in der nf-core/bytesize-Vortragsreihe auf YouTube veröffentlicht (in englischer Sprache).
Die neueste Version von nf-core/funcscan ist verfügbar unter DOI 10.5281/zenodo.7643099 (sowie das Repository auf GitHub).