Dr. Ruman Gerst

Angewandte Systembiologie · ILRS +49 3641 532-1461 ruman.gerst@leibniz-hki.de

Curriculum vitae

Forschungsschwerpunkte

Titel der Doktorarbeit: "Accessible software frameworks for reproducible image analysis of host-pathogen interactions"

Wissenschaftlicher Werdegang

seit 2022	Wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Gruppe Angewandte Systembiology am Hans-Knöll-Institut
2022	Dr. rer. nat. in Bioinformatik am Hans-Knöll-Institut
2018	M.Sc. in Bioinformatik an der Friedrich-Schiller-Universität Jena
2015	B.Sc. in Bioinformatik an der Friedrich-Schiller-Universität Jena

Publikationen

Gerst R, Cseresnyés Z, Figge MT^# (2025) Intuitive Abläufe für die automatisierte Bildanalyse. JIPipe als quelloffene Softwarelösung für FAIRe Bildanalyse. Online-Publikation bei Wiley Analytical Science

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Moore J^#, Kunis S, Grüning B, Blank-Burian M, Mallm JP, Stöter T, Zuschratter W, Figge MT, Kreshuk A, Tischer C, Haase R, Zobel T, Bauer P, Svensson CM, Gerst R, Hanne J, Schmidt C, Becker MM, Bocklitz T, Bumberger J, Chalopin C, Chen J, Czodrowski P, Dickscheid T, Fortmann-Grote C, Huisken J, Lohmann J, Schauss A, Baumann M, Beretta C, Burel JM, Heuveline C, Kuner R, Kuner T, Landwehr M, Leibfried A, Nitschke R, Mittal D, von Suchodoletz D, Valencia-Schneider M, Zentis P, Brilhaus D, Hartley M, Hülsmann B, Dunker S, Keppler A, Mathur A, Meesters C, Möbius W, Nahnsen S, Pfander C, Rehwald S, Serrano-Solano B, Vilardell Scholten L, Vogl R, Becks L, Ferrando-May E^*^#, Weidtkamp-Peters S^*^# (2024) NFDI4BIOIMAGE - National research data infrastructure for microscopy and bioimage analysis. Zenodo , 10.3389/fimmu.2024.1432307. (Review)

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Ruhland E, Siemers M^*, Gerst R^*, Späth F, Vogt LN, Figge MT, Papenfort K, Fröhlich KS^# (2024) The global RNA–RNA interactome of Klebsiella pneumoniae unveils a small RNA regulator of cell division. Proc Natl Acad Sci U S A 121(9), e2317322121.

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Behrendt F^*, Cseresnyés Z^*, Gerst R, Gottschaldt M, Figge MT^#, Schubert US^# (2023) Evaluation of reproducible cryogel preparation based on automated image analysis using deep learning. J Biomed Mater Res A 111(11), 1734-1749.

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Gerst R^*, Cseresnyés Z^*, Figge MT^# (2023) JIPipe: Visual batch processing for ImageJ. Nat Methods 20(2), 168-169.

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Hoffmann B^*, Gerst R^*, Cseresnyés Z, Foo W, Sommerfeld O, Press AT, Bauer M, Figge MT (2022) Spatial quantification of clinical biomarker pharmacokinetics through deep learning-based segmentation and signal-oriented analysis of MSOT data. Photoacoustics 26, 100361.

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Richter I, Radosa S, Cseresnyés Z, Ferling I, Büttner H, Niehs SP, Gerst R, Scherlach K, Figge MT, Hillmann F, Hertweck C (2022) Toxin-producing endosymbionts shield pathogenic fungus against micropredators. mBio 13(5), e0144022.

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Büttner H^*, Niehs SP^*, Vandelannoote K, Cseresnyés Z, Dose B, Richter I, Gerst R, Figge MT, Stinear TP, Pidot SJ, Hertweck C^# (2021) Bacterial endosymbionts protect beneficial soil fungus from nematode attack. Proc Natl Acad Sci U S A 118(37), e2110669118.

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